A l'heure actuelle, les carburants fossiles sont la principale source énergétique mondiale. Malheureusement, ces énergies ne sont pas renouvelables et s'amenuisent d'années en années. Il faut, dès à présent, pour les gouvernements et les entreprises, envisager l'avenir et l'après-pétrole, avec des solutions comme les microalgues. D'autre part, l'utilisation massive des énergies fossiles a également des conséquences importantes sur l'environnement, et il est désormais urgent de trouver des solutions alternatives à ces énergies polluantes et de plus en plus rares. Les quelques biocarburants développés ces 20 dernières années posent des soucis stratégiques et environnementaux: appauvrissements des sols, superficie de culture trop importantes, sur-consommation d'eau, engrais et pesticides...etc. C'est dans ce cadre que la recherche scientifique se penche depuis quelques années sur l'utilisation des micro algues en remplacement du carburant. Les micro-algues présentent l'avantage de pouvoir bénéficier d'une culture hors-sol. Microscopiques, elles ne concurrencent pas les cultures pour l'alimentation et leur coût de production est très intéressant. La recherche scientifique s'intéresse particulièrement aux possibilités offertes par la culture des cyanobactéries et la production des micro-algues, notamment dans le domaine du remplacement du kérosène. Air France et British Airways ont déjà testé sur leurs avions le remplacement du kérosène par des huiles issues des microalgues.

Les microalgues sont des algues microscopiques qui font partie de ce que l'on appelle le phytoplancton. Unicellulaires, elles vivent en autarcie complète et leur unique cellule assure toutes les fonctions nécessaires à leur survie et à leur développement. Les micro-algues sont divisées en 2 groupes principaux : les microalgues eucaryotes et les microalgues procaryotes ou cyanobactéries. Ces cyanobactéries se développent en colonie principalement, et en milieux marins ou aquatiques.
Concrètement, les micro-algues se servent de la photosynthère pour produire des matières organiques à partir des éléments minéraux. Grâce à la photosynthèse, les cyanobactéries captent les minéraux et le gaz carbonique présents dans l'eau pour assurer sa survie. Les microalgues ont également la capacité grâce à leur structure de transformer les polluants contenus dans l'air afin de les rendre inoffensifs pour l'environnement. Un fabricant de whisky en Ecosse utilise déjà ces cyanobactéries pour retraiter les déchets polluants qu'elle produit. La microalgue a donc un double avantage, non seulement elle permet de produire des huiles remplaçant le pétrole mais elle est également dépolluante.

La fabrication et la production de gasoil d'origine végétale ont des avantages considérables en terme de productivité et de culture. Les microalgues permettent de produire de l'huile en grande quantité à moindre coût, d'autant plus que contrairement aux cultures agricoles, les cyanobactéries ne nécessitent aucun apport en eau ou en pesticide, et leur surface de culture est extrêmement réduite. Les recherches scientifiques autour des micro-organismes ont mis au jour l'existence de plusieurs millions d'espèces de microalgues et cyanobactéries, dont certaines ont la capacité de produire des quantités d'huile supérieures aux quantités produites par la culture oléagineuse agricole. Ce sont ces caractéristiques spectaculaires qui ont poussé les chercheurs à mener des recherches approfondies sur les microalgues et les cyanobactéries. En produisant l'équivalent de 70% de leur masse en huile, les microalgues offrent un rendement intéressant et adapté à la fabrication de biocarburants.
Les recherches autour des algocarburants, nom donné aux carburants produits à partir de microalgues, se poursuivent encore afin d'améliorer les processus de production afin de diminuer le prix du litre de biocarburant. Actuellement, les différents laboratoires scientifiques étudient les avantages et inconvénients liés aux 3 types de cultures microalgales possibles: aquarium, bassin extérieur ou lac, et prévoient une industrialisation de la production dès 2015. La vente au public de carburants issus de microalgues et cyanobactéries devrait s'organiser à l'horizon 2017.